Школа-інтернат створена відповідно до наказу по Вінницькому обласному відділу народної освіти №163 від 20 червня 1966 року.
Відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 05 листопада 1991 року №311 «Про розмежування державного майна України між загальнодержавною (республіканською) власністю і влпорушенасністю адміністративно-територіальних одиниць (комунальною власністю)» та рішення 10-ї сесії обласної Ради 21-го скликання від 30 жовтня 1992 року «Про перелік об'єктів комунальної власності обласної Ради народних депутатів, що передаються в управління обласної державної адміністрації, та розмежування майнових інтересів між суб'єктами власності» школу-інтернат віднесено до комунальної власності Могилів-Подільського району.
Відповідно до наказу по відділу освіти Могилів-Подільської районної державної адміністрації від 12 серпня 1997 року №575 «Про удосконалення мережі інтернатних закладів у районі» школі надано статус спеціальної загальноосвітньої школи для дітей з порушенням інтелектуального розвитку. Відповідно до рішення 7-ї сесії обласної Ради 4-го скликання від 30 травня 2003 року №316 «Про прийняття у спільну власність територіальних громад Вінницької області Серебрійської спеціальної загальноосвітньої школи-інтернату для розумово відсталих дітей с. Серебрія Могилів-Подільського району» школа-інтернат прийнята до спільної власності територіальних громад сіл, селищ, міст області.
Рішенням 18 сесії обласної Ради 5-го скликання від 18 вересня 2008 року №623 «Про перейменування Серебрійської спеціальної загальноосвітньої школи-інтернату для розумово відсталих дітей» школа перейменована в Серебрійську спеціальну загальноосвітню школу-інтернат Могилів-Подільського району Вінницької обласної Ради.
Школа є об'єктом права спільної власності територіальних громад сіл. селищ, міст Вінницької області, управління яким здійснює Вінницька обласна Рада (надалі - Орган управління майном).
Рішенням 16 сесії Вінницької обласної Ради від 16.05.2017р. №357 Серебрійська спеціальна загальноосвітня школа-інтернат Могилів-Подільського району району Вінницької обласної Ради перейменована на Серебрійський навчально – реабілітаційний центр Могилів-Подільського району Вінницької обласної Ради.
Згідно рішення Вінницької обласної Ради від 27 січня 2023 року Серебрійський навчльно-реабілітаційний центр перейменовано в Комунальний заклад "Серебрійська спеціальна школа" Вінницької обласної Ради.